蜂蜜能冷冻。在低温下营养不会流失。蜂蜜保存宜放在低温避光处，最好放入冰箱内低温保存，不宜阳光直射，通常保质期为18个月。由于蜂蜜是属于弱酸性的液体，能与金属起化学反应，在贮存过程中接触到铅、锌、铁等金属后，会发生化学反应。因此，应采用非金属容器如陶瓷、玻璃瓶无毒塑料桶等容器来贮存蜂蜜。
蜂蜜在贮存过程中还应防止串味、吸湿、发酵、污染等。为了避免串味和污染，不得与有异味物品（如汽油、酒精、大蒜等）腐蚀性的物品（如化肥、农药、石灰、碱、硝等）或不卫生的物品（如废品、畜产品等同储存）。国家规定瓶装蜜保质期为18个月，但封盖成熟浓度高的蜂蜜也能保质多年。但吃蜂蜜新鲜为好，因新鲜蜜一般色、香、味口感较好！
